Artículo principal: Rito Escocés Antiguo y Aceptado
El Rito Escocés Antiguo y Aceptado es hoy en día el rito masónico más numeroso en México. En sus tres primeros grados simbólicos (véase logia azul), se introduce en el periodo colonial quizás por emigrantes franceses, por miembros de la corte virreinal y el ejército realista, o bien ambas cosas al mismo tiempo. De cualquier modo, no está claro si los emigrantes franceses trabajaban mayoritariamente en el Rito Francés, aunque su pertenencia a la corte virreinal apunta a que posiblemente lo hicieran en el antecedente directo de lo que es hoy el Rito Escocés Antiguo y Aceptado. Lo que sí consta en los archivos de la Inquisición es que fueron detenidos en la fiesta de san Juan Bautista en 1791, y posteriormente condenados.[cita requerida]
Cuando se declaró la independencia el 21 de septiembre de 1821, salieron a la luz prominentes masones peninsulares, como el último Capitán General, Juan O’Donojú, y su médico personal, Manuel Codorniu Ferreras. Ambos compartían las ideas liberales del levantamiento militar sevillano de 1820, liderado por Rafael Riego. De este modo, Codorniu sería uno de los promotores de la aplicación al naciente Estado mexicano, de los principios de la Constitución de Cádiz de 1812, sugiriendo infructuosamente la separación de la Iglesia de los asuntos del Estado.[cita requerida]
El Supremo Consejo del Grado 33 del Rito Escocés Antiguo y Aceptado de los Estados Unidos Mexicanos,7 el órgano que administra los grados superiores del Rito Escocés Antiguo y Aceptado (del 4º al 33º), se creó en 1860, bajo patente del Supremo Consejo para los Estados Unidos de Norteamérica, con sede en Charleston, por Charles Laffon De Ladebat (quien en dichas fechas fungía como Gran Maestro de Ceremonias del Supremo Consejo Madre de Charleston). El 21 de diciembre (fecha y datos que constan en la Carta Patente, así como en el libro de oro original), se fundó el Supremo Consejo de México, en la ciudad de Veracruz, y quedó como primer Soberano Gran Comendador Charles Laffon de Ladebat, quien, con su propia letra, escribió en el libro de oro del Supremo Consejo (se transcribe literal renglón a renglón, corrigiendo ortografía), lo siguiente:
Yo, el abajo firmante, Charles Laffon de Ladebat, ciudadano francés, domiciliado en Nueva Orleans, Estados Unidos de América, Sob. Gran Inspector General 33° y último grado del Rito Antiguo Aceptado Escocés, miembro activo del Supremo Consejo para la jurisdicción meridional de los Estados Unidos de América, residente en Charleston, Carolina del Sur, declaro y certifico que, conforme al artículo segundo de las Constituciones de 1786, hoy viernes octavo día de Tebet A .·. M .·. 5621 – 21 de diciembre de 1860, E .·. V .·., a las once de la mañana, he elevado al 33° Grado del Rito Antiguo Aceptado Escocés, al Il .·. H .·. Esteban Zenteno, Sub .·. Pr .·. del R .·. S .·., 32°, y le he proclamado Poderoso Soberano Teniente Gran Comendador del Supremo Consejo, que tengo misión de fundar en la República Mexicana, habiendo dicho Il.·. H .·. prestado antes y firmado antes en un libro ad hoc el juramento siguiente: (Se omite transcripción de juramento.) Certifico, en fin, que, después de cumplir con todas las formalidades prescritas por las citadas Constituciones de 1786, he proclamado que el Supremo Consejo de la República Mexicana está regular y legalmente constituido, conforme a las dichas Constituciones de 1786, únicas que autorizan la creación de los Supremos Consejos del 33° y último grado del Rito Antiguo Aceptado Escocés. Enseguida, se levantó la sesión, conviniendo los miembros en reunirse de nuevo a las dos de la tarde, para proceder a otros trabajos. En fe de lo cual he puesto mi nombre y mi sello al pie de esta declaración como Muy Poderoso Soberano Gran Comendador del Supremo Consejo de la República Mexicana en el día, mes y año del encabezamiento, y certifico que son verdaderas las firmas puestas debajo de los Il.·.Hh.·. Esteban Zenteno y Nicolás Pizarro.”[cita requerida]
En 1872, el Soberano Gran Comendador del Supremo Consejo de Charleston, Albert Pike 33°, otorga reconocimiento al Supremo Consejo de la República Mexicana.
En septiembre de 1875, se lleva a cabo el Gran Convento Mundial, en el cual se emite la Constitución hoy conocida como de Lausana (Lausanne), Suiza, misma que en su Artículo XX establece ratificar la Constitución del 1 de mayo de 1786 con las modificaciones y el tejador (tuileur) adoptados por el Convento Universal signado en Lausana. Tiene gran relevancia este Convento, puesto que la reglamentación que se sigue desde ese entonces es la que debe practicarse, ya que cuando este Convento se aprobó en 1875, ya se había fundado el Supremo Consejo de la República Mexicana. Entre otros, debe contemplarse el Artículo V.- Ninguno de los Supremos Consejos confederados creará ni permitirá que ninguno de sus Soberanos Grandes Inspectores Generales cree un Nuevo Supremo Consejo en país alguno, cualquiera que fuese, sin haber previamente consultado a todos los miembros de la Confederación y sin haber obtenido el asentimiento de la mayoría.” Cabe mencionar que en México, solamente al día de hoy, está reconocido un solo Supremo Consejo, mismo que se fundó en 1860 y que se ratificó en 1868 y que, por error, se le conoce como Puente de Alvarado.[cita requerida]
De igual manera, hay una confusión sobre esta fundación, ya que por un error de comunicación se fundó un segundo Supremo Consejo en 1865 en la Ciudad de México por parte de James C. Lohse, quedando en esta fundación como primer Soberano Gran Comendador el mismo James C. Lohse, y que el 28 de abril de 1868, en un gesto de completa fraternidad tanto Esteban Zenteno (Soberano Gran Comendador del fundado en 1860) y James C. Lohse (Soberano Gran Comendador del fundado en 1865) unieron ambos Supremos Consejos, y quedó la masonería filosófica mexicana oficialmente asentada en el país.[cita requerida]
Dado que el Supremo Consejo del rito apoyó mayoritariamente al gobierno republicano de Benito Juárez frente a la intervención militar francesa (1862-1867) y la monarquía de Maximiliano I (1864-1867), el 20 de diciembre de 1865, Manuel R. de Cunha Reis, en la capital ocupada por tropas francesas, constituyó por su cuenta un Supremo Consejo. Mediante decreto, declaró a este Supremo Consejo autoridad única y soberana para toda la nación, sujetando a toda obediencia a su jurisdicción. Entre otras medidas, declaró al Rito Nacional Mexicano ilegítimo e irregular, y anuló así la calidad masónica de buena parte de los masones republicanos.8