Artículo principal: Rito Nacional Mexicano
Recién estrenada la independencia de México, la división entre los denominados yorkinos y escoceses se trasladó a la política. Los enfrentamientos se hicieron cada vez más duros, y llegaron a sucederse varios levantamientos militares. En ese contexto, se constituyó el Rito Nacional Mexicano bajo el Supremo Gran Oriente del Rito Nacional Mexicano el 22 de agosto de 1825, con la finalidad expresa de unificar a los masones mexicanos y evitar al mismo tiempo la intervención extranjera en la orden y en la política mexicana; el 26 de marzo de 1826 se fundó la Gran Logia Nacional Mexicana “La Luz” (hoy conocida como Gran Logia Nacional de México), con la conformación de sus primeras cinco logias simbólicas. Sin embargo, los enfrentamientos no cesaron, por lo que el presidente Nicolás Bravo, masón escocés, prohibió por un breve periodo las sociedades secretas, prohibición destinada a las logias yorkinas y del Rito Nacional Mexicano, todas ellas más liberales; pero, debido a un rápido movimiento del Gran Maestro del Rito Yorkino, Lorenzo de Zavala, las logias yorkinas abatieron columnas (se disolvieron) y denunciaron a las escocesas, obligando de esta manera al gobierno a disolverlas; el Rito Nacional Mexicano escapó a esta persecución, y siguió trabajando en secreto.
Para 1865, el Rito Nacional Mexicano dejó de trabajar “A la Gloria del Gran Arquitecto del Universo”, y comenzó a dedicar sus trabajos “Al triunfo de la verdad y al progreso del género humano”. De igual modo, comenzó a usar un ejemplar de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, en lugar de la Biblia, y constaba ya de los actuales nueve grados, incluyendo los tres primeros grados simbólicos.[cita requerida]
Un miembro destacado de este rito fue Benito Juárez García, político liberal que llegaría a ser presidente de México por el largo periodo que va desde 1858 hasta su muerte, en 1872. No está claro el origen de su iniciación; Martínez Zaldúa sostiene que fue iniciado en el rito de York, en la logia “Espejo de las Virtudes”, entre 1833 y 1834, en la ciudad de Oaxaca. Por el contrario, Tenorio D’Alburquerque afirma que se inició el 15 de enero de 1847, en la logia del Rito Nacional Mexicano “Independencia” Núm. 2, en la Ciudad de México, días antes de partir a la ciudad de Oaxaca, donde tomaría posesión de la gubernatura del estado del mismo nombre. Lo cierto es que alcanzaría el más alto grado en el Rito Nacional Mexicano.[cita requerida]
Se compone de 9 grados: aprendiz, compañero, maestro, caballero del secreto, maestro perfecto, caballero elegido de los nueve, caballero elegido de los quince, gran maestro arquitecto y caballero del águila mexicana.