Los antecedentes históricos de la Gran Logia de la Ciudad de México derivan de la Gran Logia del Estado de México. Esta, además de las logias que tradicionalmente ha instalado en su entidad, autorizó tres logias simbólicas regulares para los hermanos masones que radicaban en la Ciudad de México (entonces llamada Distrito Federal) y que, por situaciones de practicidad y al ser desde 1990 la Ciudad de México un territorio libre de jurisdicción masónica regular, decidieron en diferentes tiempos, establecer sus trabajos masónicos en la Ciudad de México.
Esta situación no causaba ningún conflicto legal, ya que, al momento de su creación, no existía en el Distrito Federal ninguna obediencia reconocida por la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos, de la cual la Gran Logia del Estado de México es miembro constituyente. Tampoco existía en ese momento, alguna obediencia masónica que se ajustara estrictamente a los estándares de regularidad y de legitimidad de origen, de acuerdo a la norma Basic Principles for Grand Lodge Recognition, establecida en el año de 1929 y aceptada por la Conferencia de Grandes Maestros de Norteamérica y por la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos.[cita requerida]
En este sentido, las tres logias regulares fueron:
RLS Capilla de María No. 1, creada en el año de 2006.
RLS San Jorge No. 3, creada en el año de 2006.
RLS Impulso Liberal Moderno No. 11, creada en el año de 2008.
Durante los meses de junio a octubre de 2009, se realizaron intercambios de opinión entre los miembros de estas tres logias para valorar la posibilidad de concretar la integración de las mismas en una obediencia masónica en el Distrito Federal, hasta llegar a la fecha del 5 de diciembre de 2009, cuando las tres logias por separado, tomaron el acuerdo en sus respectivas cámaras de maestros, de proceder formalmente a tal cometido.
Ese mismo día, al cerrar los trabajos de cada logia, se realizó una sesión conjunta donde se aprobó la creación de la Gran Logia del Distrito Federal, un cuadro de oficiales y plantear formalmente a la Gran Logia del Estado de México estos acuerdos, así como la solicitud de una Gran Carta Patente.
Con fecha del 16 de diciembre de 2009, se solicitó por escrito, en plancha firmada y sellada por los tres venerables maestros, al Gran Maestro de la Gran Logia del Estado de México, una Gran Carta Patente a favor de los masones regulares en el Distrito Federal. Esta petición escrita fue ratificada del mismo modo, firmada y sellada por los nuevos venerables maestros, el 29 de enero de 2010.
El 20 de febrero de 2010, las tres logias solicitantes asistieron a la Ciudad de Tepic, Nayarit, para plantear presencialmente ante el Presidente de la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos. En esta reunión estuvieron presentes el Gran Canciller de la Confederación, además de los Grandes Maestros y past grandes maestros de Nayarit y Jalisco (Occidental Mexicana).
En esta reunión se deliberó lo conducente y de ahí se desprendió el requerimiento de que la petición de formación fuera planteada al pleno de la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos.
El 13 y 14 de marzo de 2010, nuevamente las tres logias solicitantes se presentaron, pero ahora ante el pleno de la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos, dentro de las actividades de su XCIV Consejo Masónico Nacional, celebrado en Pachuca, Hidalgo, en la cual entregaron en propia mano a cada Gran Maestro presente, así como a las autoridades de la Confederación, el planteamiento de formación de una Gran Logia en el Distrito Federal, anexando el sustento legal que daba solidez a tal objetivo.
En esta reunión se escucharon argumentos y se atendieron responsables inquietudes por parte de los grandes maestros presentes y se concluyó que la emisión de una Gran Carta Patente es facultad y responsabilidad de las grandes logias soberanas, recomendando a la Gran Logia del Estado de México, tomar en cuenta tales consideraciones y actuar en estricto apego a las reglas de regularidad y ordenamientos del Protocolo Vigente.
El 17 de abril de 2010, fue convocada una Gran Asamblea Extraordinaria de la Gran Logia del Estado de México para tratar como único asunto, el desahogo de la petición de Gran Carta Patente, lo cual fue aprobado por votación y sancionado en debida forma.
La Gran Carta Patente fue firmada el 24 de junio de 2010, siendo consagrada y entregada en debida forma ante el pleno de la Gran Logia del Estado de México el 26 de junio de 2010.
El 30 de junio de 2010, la Gran Logia de la Ciudad de México celebró su primer Gran Asamblea, en la cual entregó las cartas patentes a sus tres logias fundadoras, aprobó la Constitución y Estatutos y acordó solicitar su ingreso a la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos.
Las tres logias fundadoras son:
RLS Capilla de María No. 1
RLS San Jorge No. 3
RLS Impulso Liberal Moderno No. 11
Por acuerdo unánime de las tres logias, éstas recibieron un número similar al que se tenía en la obediencia de origen y los números interiores serán otorgados a las nuevas logias que se fueran incorporando.
El 15 de julio de 2010, la Gran Logia de la Ciudad de México presentó su solicitud formal de incorporación a la Confederación de Grandes Logias Regulares de los Estados Unidos Mexicanos, en los términos y cumpliendo clara y estrictamente con las condiciones que establece el Protocolo vigente.
A finales del año 2010, se instaló la R. L. S. San Patricio No. 2.
Durante el año de 2011, se instalaron las siguientes Logias, hoy activas en la GLCM:
R. L. I. Juan O´Donojú No. 5 (R. Logia de Investigación).
R. L. S. Caballeros Templarios No. 8
R. L. S. Antiquitas No. 9
En el año de 2012 han sido instaladas, la R. L. S. Abraxas No. 10 y la R. L. S. La Libertad Amada No. 6.
En el primer semestre de 2013, fue instalada la R. L. S. Et Gloria In Perpetuum No. 7 y en el segundo semestre es instalada la R. L. S. Akbal No. 12.
En el año 2014, surge en la G. L. C. M. la idea de auspiciar Logias AJEF (organización que auspicia la Masonería para jóvenes de 14 a 21 años), es por ello que en noviembre de este mismo año se funda la Logia AJEF Esparta Número 1. Meses más tarde, en agosto del 2015, es instalada la Logia AJEF Lázaro Cárdenas Número 2 y posteriormente, en febrero del 2016, la Logia AJEF México Número 7 se incorpora a la GLCM. Para enero de 2019, la Logia AJEF José Martí Número 4 se une al Ajefismo de la GLCM.21
El 8 de julio de 2016 la Gran Logia de la Ciudad de México y la York Grand Lodge of Mexico firmaron un tratado de intervisitación en Guadalajara, Jalisco.22
En 2016, nacen en el seno de la GLCM la R. L. S. Beit Salomón No. 13, la R. L. Zur Wohltätigkeit No. 6 y la R. L. S. Anakainosis Vera Fraternitas No. 14.23
Por lo anterior, actualmente, la G.L.C.M. funciona con catorce Logias masónicas que trabajan bajo cinco diferentes ritos (Escocés Antiguo y Aceptado, York, Emulación, Escocés Rectificado y Zinnendorf) y cuatro Logias AJEF jurisdiccionadas